Curso Biodata

Gestión de bases de datos de biodiversidad

Este sitio web presenta el material para el curso presencial intensivo Biodata: Gestión de bases de datos de biodiversidad, organisado por el Instituto de Ecología & Biodiversidad del 13 al 17 de noviembre de 2023, en la Facultad de Ciencias Naturales y Oceanograficas de la Universidad de Concepción (UdeC).

Programa

En esta semana, los temas que vamos a trabajar se pueden dividir así:

  1. Presentación introductiva: pensar la gestión de los datos de biodiversidad en el entorno cientifico y social actual
  2. Manejar datos en R: entender como filtrar, seleccionar, manejar datos en R
  3. Manejar datos en SQL: consultas simples y avanzadas en SQL, pensar la estructura de una base de datos, modificar y manejar una base de datos SQL
  4. Expresiones regulares en R y SQL: manejar las cadenas de carácter en las bases de datos
  5. Estructura de la biodiversidad, estructura de los proyectos de investigación y monitoreo, estructura de los datos: ¿como pensarlos juntos?
  6. Taxonomía: manejar datos taxonómicos en R y SQL
  7. Datos espaciales: manejar datos espaciales en Qgis, R, y SQL
  8. El nuevo modelo de los datos de biodiversidad de Chile (presentación por Julián Cabezas Peña)
  9. Herramientas de hacker para los datos de biodiversidad: Github, paquetes R etc.
  10. Proyecto final: un ejemplo aplicado de gestión de los datos

El plan de tiempo que tenemos es:

Día Mañana Tarde
Lunes Presentación introductiva, empezar las actividades de R Actividades en R
Martes SQL, expresiones regulares SQL, estructuras de la biodiversidad/proyectos/datos
Miercoles Taxonomía Datos espaciales
Jueves Modelo de datos de biodiversidad en Chile Modelo de datos de biodiversidad en Chile
Viernes Herramientas de hackers Proyecto final

Instalación de los software y paquetes

En el curso, vamos a utilizar lo más posible software libre. En las paginas siguientes pueden encontrar los enlaces y instrucciones para instalar los software:

Instalar los paquetes R Instalaremos los paquetes R juntos durante el curso, al final del curso pondré todos los paquetes en esta pagina para que puedan volver a instalarlos!

Presentaciones

Actividades

Datos

Los datos necesarios para los ejercicios y actividades están disponibles en Google drive. Para poder acceder, por favor llenar este formulario.

Documentación

Soluciones de los ejercicios

Si quieren que los ejercicios sean útiles para desarrollar sus capacidades de programación en R y SQL, es mejor enfrentarse a las dificultades y buscar soluciones por sí mismo. Sin embargo, es muy probable que no tengamos el tiempo para resolver todos los ejercicios, acá encontrarán las soluciones que propongo yo. Anotar: en programación, existen varios caminos para obtener el mismo resultado, no descarten su propia solución por no ser igual a la solución que proponga…